Αυτό που δεν πέτυχαν οι Παπικοί το 1439 ένεκα του Ορθόδοξου Αγίου Μάρκου του Ευγενικού, το πέτυχαν τώρα με τους Οικουμενιστάς Αθηναγόρα και Βαρθολομαίο!

......Ἀντιλήφθηκε ὅμως ἐγκαίρως, ὅτι οἱ Λατίνοι δὲν ἐπιθυμοῦσαν τὴν ἐξέταση τῶν διαφορῶν καὶ τῶν αἰτιῶν τοῦ Σχίσματος καὶ γενικὰ ἀληθινὴ ἐκκλησιαστικὴ ἕνωση, ἀλλὰ ἐπεδίωκαν τὴν καθυπόταξη τῆς Ὀρθοδόξου Ἐκκλησίας στὸν Πάπα καὶ τὴν παραδοχὴ ἐκ μέρους αὐτῆς τῶν λατινικῶν ἐτεροδιδασκαλιῶν, ἐγκαταλειπομένων τῶν ὀρθοδόξων δογμάτων. Ἔτσι θεώρησε χρέος του νὰ ἡγηθεῖ τῆς πανορθοδόξου ἀντιδράσεως κατὰ τῶν λατινικῶν σχεδίων καὶ τέθηκε ἐπικεφαλῆς τῶν ἀποκληθέντων Ἀνθενωτικῶν, ὄχι μόνο κατὰ τὴν διάρκεια τῆς Συνόδου, ἀλλὰ καὶ μετὰ τὴν ἐπιστροφή του στὴν Κωνσταντινούπολη. Γι’ αὐτὸ καὶ ἀπέκρουσε κατὰ τὴν διάρκεια τῶν συνοδικῶν συζητήσεων τὶς ἀξιώσεις καὶ τὴν ἐπιχειρηματολογία τῶν Λατίνων καὶ ἀρνήθηκε νὰ ὑπογράψει τὸν ὅρο τῆς ἐπιβληθείσης ψευδοενώσεως. Ἡ μὴ ὑπογραφὴ τοῦ ἀπαράδεκτου γιὰ τὴν κοινὴ ὀρθόδοξη ἐκκλησιαστικὴ συνείδηση, κειμένου ἐκ μέρους τοῦ Ἁγίου Μάρκου, εἶχε τόσο μεγάλη σημασία, ὥστε μόλις ὁ Πάπας Εὐγένιος Δ’ (1431 – 1447) τὸ πληροφορήθηκε ἀναφώνησε περίλυπος : «Ἐποιήσαμεν λοιπὸν οὐδέν».

Λίγο ἀργότερα ὁ αὐτοκράτορας προσέφερε στὸν Ἅγιο τὸν Πατριαρχικὸ θρόνο, ἀλλὰ αὐτὸς ἀρνήθηκε. Ἐπειδὴ δέ, δὲν ἐπιθυμοῦσε νὰ συλλειτουργήσει μὲ τὸν λατινόφρονα Πατριάρχη Μητροφάνη τὸν ἀπὸ Κυζίκου, ἔφυγε ἀπὸ τὴν Κωνσταντινούπολη τὴν ἡμέρα τῆς Πεντηκοστῆς του ἔτους 1440 καὶ ἦλθε στὴν Ἔφεσο. Καὶ ἐκεῖ ὅμως δεχόταν ἐνοχλήσεις ἀπὸ τοὺς ἑνωτικούς. Γι’ αὐτὸ ἀναχώρησε μὲ προορισμὸ τὸ Ἅγιον Ὄρος. Καθ’ ὁδόν, διερχόμενος διὰ τῆς νήσου Λήμνου, κρατήθηκε καὶ περιορίσθηκε  ἐκεῖ, μὲ ἐντολὴ τοῦ αὐτοκράτορα. Στὴ Λῆμνο παρέμεινε δύο χρόνια καὶ ἀπὸ ἐκεῖ ἐξαπέλυσε τὴ σπουδαία ἐγκύκλιό του «τοῖς ἁπανταχοῦ τῆς γῆς καὶ τῶν νήσων εὐρισκομένοις Ὀρθοδόξοις Χριστιανοῖς». Μετὰ ὁ θεοειδὴς στὴν ψυχὴ καὶ τὴν προαίρεση Ἅγιος, ἦλθε στὴν Κωνσταντινούπολη, ὅπου καὶ κοιμήθηκε μὲ εἰρήνη στὶς 23 Ἰουνίου τοῦ 1444 μ.Χ. καὶ ἐνταφιάσθηκε στὴ μονὴ τοῦ Ἁγίου Γεωργίου τῶν Μαγγάνων. Ὁ Πατριάρχης Γεννάδιος Σχολάριος, τὸ 1456 μ.Χ., ὅρισε διὰ συνοδικῆς πράξεως, νὰ ἑορτάζεται ἡ μνήμη τοῦ Ἁγίου στὶς 19 Ἰανουαρίου.